O abastecimento das cidades demanda um crescente aumento da explotação das águas subterrâneas associadas aos setores agrícola, industrial, comercial e residencial. O desenvolvimento é acompanhado pelo aumento potencial do risco de acidentes que possam vir a contaminar este bem mineral, a água. O presente estudo visou elaborar uma metodologia para a locação de poços de monitoramento, como um dos requisitos para a elaboração de um plano de monitoramento aplicado às águas subterrâneas da região leste de São José dos Campos. A abordagem do estudo visou utilizar a maior diversidade de informações para caracterizar o meio físico a ser monitorado. Para isso, foram coletados e gerados dados hidrogeológicos, análises químicas da água, uso e ocupação do solo e o modelo 3D de fluxo subterrâneo e de caminhamento de partículas (Visual MODFLOW-PRO 4.2). No processo de seleção dos locais para a instalação dos poços de monitoramento foi aplicada a metodologia desenvolvida neste trabalho, a qual fez uso de duas metodologias: análise da vulnerabilidade (DRASTIC) do sistema aqüífero e análises com base no Processo Hierárquico Analítico (AHP). A integração dos dados foi realizada em um banco de dados geográfico implementado no Sistema de Informação Geográfica (SIG). Neste banco, armazenaram-se e processaram-se as informações hidrogeológicas (geologia, propriedades hidráulicas do sistema aqüífero e análise química das águas subterrâneas), informações de superfície (topografia, feições urbanas) e fotografias aéreas. Os produtos gerados pelo modelo matemático de fluxo subterrâneo também foram integrados ao banco de dados geográfico. Os resultados deste trabalho demonstram que a metodologia aplicada possibilitou a definição dos locais para a instalação dos poços de monitoramento com base em múltiplos critérios técnicos. O plano de monitoramento da bacia de estudo realizado sobre um SIG com dados do modelo tridimensional possibilitou um completo entendimento do sistema físico a ser monitorado.