Este trabalho propõe um modelo estruturado para o suporte a decisões estratégicas em Instituições de Ciência e Tecnologia (ICT), com foco na análise do ambiente interno dessas organizações. Para cumprir esse objetivo, inicialmente, foram estudados conceitos de sistemas de inovação; gestão estratégica da inovação; e sistemas de avaliação de desempenho. Também foram apresentados estudos encontrados na literatura com foco em gestão de ICTs. A partir do estabelecimento do estado da arte, foi apresentado o modelo geral para tomada de decisões estratégicas em ambientes de inovação proposto nesta tese, composto pelas análises dos ambientes externo e interno de uma organização, bem como pela integração de ambas as análises. Em seguida, detalhou-se o método proposto para análise do ambiente interno de uma ICT, que é foco deste trabalho, contemplando o desenvolvimento de índices para medição do desempenho (IDI - Índice de Desempenho Inovativo), integração (3I - Índice de Integração Interna) e complexidade (ICI - Índice de Complexidade Inovativa) de uma ICT. Para a verificação do método exposto para análise do ambiente interno, foi realizado um caso de aplicação em um Instituto de Ciência, Tecnologia e Inovação. Ao final, foi aplicado um questionário a representantes estratégicos da instituição que participaram da aplicação para que pudessem avaliar a sistemática proposta em termos de sua aplicabilidade, clareza, contribuição, bem como a efetividade de cada uma das etapas propostas. A partir dos resultados obtidos, pôde-se concluir que o método apresentou-se aplicável, claro e com potencial para contribuir na definição e priorização de ações estratégicas, visando criar um ambiente propício nas ICTs, que melhor favoreça, fomente e apoie a inovação nas empresas atuais e futuras.