É crescente o interesse pela utilização de Sistemas de Medição de Desempenho (SMD) para a avaliação da performance de uma organização, segundo suas diversas perspectivas. Dentre as fases de desenvolvimento de um SMD, a fase de projeto é crucial para seu sucesso e, consequentemente para o sucesso da organização. Através de uma revisão de literatura sobre o assunto ficou evidente a carência de métodos de apoio a esta fase. O presente trabalho tem como objetivo propor um método para apoiar a fase de design de um SMD com base no modelo The Performance Prism. O método integra dois paradigmas da Pesquisa Operacional em fases distintas de uma pesquisa-ação. A primeira fase tem o objetivo principal de estruturar o SMD através da metodologia Strategic Options Development and Analysis da Pesquisa Operacional Soft. A segunda, cujos objetivos são modelar em forma de rede os elementos do SMD e ordenar os critérios de desempenho para uma gestão por prioridades, utiliza o Método de apoio à Decisão com Múltiplos Critérios Analytic Network Process do paradigma racionalista. A aplicação do método mostrou-se capaz de apoiar o projeto de um SMD visando à avaliação de desempenho de uma organização, de acordo com seu direcionamento. Uma aplicação foi desenvolvida no setor de Educação Superior - projeto de um SMD para um curso de Engenharia de Produção de uma IES privada. Sessenta e dois indicadores de desempenho foram construídos para avaliar, de forma balanceada, a satisfação dos alunos, dos docentes, da direção da IES, das organizações, da sociedade e do governo em função das faces do The Performance Prism: processos de entrega de valor, capacidades da organização e contribuições dos stakeholders. Os resultados da avaliação de desempenho do curso pelo SMD se mostraram robustos e suficientes para sua legitimação como importante instrumento de gestão por prioridades.