Neste trabalho considera-se a análise dinâmica de rotores suportados por mancais hidrodinâmicos de comportamento não-linear. O método de elementos finitos é utilizado para a modelagem do rotor e as forças hidrodinâmicas são modeladas como forças de sustentação resultante da pressão do filme de óleo nos mancais, sendo dependentes da movimentação transversal dinâmica do eixo dentro do mancal. O modelo é integrado pelo método de Newmark e programado em ambiente MatLab. Desalinhamentos que podem ser causados por erros de manufatura, ou montagem errada, são investigados considerando acoplamentos rígidos, e modelados como forças e momentos. O modelo é validado através de comparação com resposta analítica e pela demonstração dos fenômenos causados pelos mancais hidrodinâmicos. A análise foi realizada em dois casos, um com rotor simétrico, evidenciando uma relação de aparecimento de comportamento não linear com o desalinhamento, e outro com rotor equivalente a um rotor de aerogerador real, simulando operação com defeito de desalinhamento. As análises são realizadas por representação de órbitas, mapa de Poincaré, diagrama de bifurcação, espectros de frequência e relação de harmônicos. São obtidas relações do desalinhamento com os modos de vibrar e comportamento não linear.